一、使用合理的方法保存：

　　益生菌含有益的微生物，影響其穩定性的因素主要有溫度、濕度、酸度、機械、營養等。因此未啟用的益生菌應保存在干燥、陰涼的地方；此外未用完的益生菌要注意密封，因為氧氣可使其中的厭氧菌失活。益生菌保存中的活菌率較不穩定，隨著時間推移，活菌數量會不斷減少，其減少速度因微生物種類不同而異，以芽孢桿菌較為穩定，其次是腸球菌群中的糞鏈球菌，再次是乳桿菌，穩定性較差的是雙歧桿菌。因此益生菌產品不能過期使用。益生菌制劑對抵生素和高銅等微元素有一定的耐受性，用益生菌配制好的飼料要盡快使用以免失效。

　　二、協同作用好：

　　益生元是指能夠選擇性地刺激腸內一種或幾種有益菌生長繁殖，而且不被宿主消化的物質，主要有果糖寡糖和半乳糖寡糖。寡糖作為某些益生菌的繁殖因子，加強益生菌的競爭勢頭；畜禽益生菌分泌的消化酶可使寡糖消化為單糖，被益生菌或機體利用。這樣寡糖類碳水化合物，能催發腸道有益微生物的繁殖，能阻斷有害菌對腸黏膜的黏附。微生態制劑還可與含多糖的中草劑或從中草中提取的多糖聯合應用，如與黃芪多糖、茯苓多糖、靈芝多糖、枸杞多糖等。這種聯合用藥能加強微生態制劑的藥理作用和生態效應。

　　三、針對性選購：

　　細菌對腸道的黏附具有種屬特異性，從某種動物分離的細菌只對該動物消化道上皮有較強的吸附性，如豬用益生菌用于其他動物不能發揮較大的作用。因此，在選擇畜禽益生菌時，要根據微生物的宿主特異性，選擇相對應的益生菌。動物的日齡不同，其腸道正常菌群不同，對初生動物使用益生菌，作用較明顯，因為初生動物腸道的正常菌群還處于連續變化的階段，容易受到益生菌的影響。